Первая страница
Наша команда
Контакты
О нас

    Головна сторінка



7. Роботи Вільяма Ф. Деградо по створенню штучних білків 11

7. Роботи Вільяма Ф. Деградо по створенню штучних білків 11




Сторінка1/16
Дата конвертації25.03.2017
Розмір0.64 Mb.
  1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   16

##ЗМІСТ

1. Напрями експериментальних робіт по штучному створенню наномашин шляхом маніпуляцій з природніми та неприродними матеріалами. 5

2. Експерименти по спрощенню структури природніх білків на прикладі рибонуклеази, ферменту який розщеплює РНК. 6

4. Чи можливо підібрати скорочений набір амінокислот, п'ять або шість, для створення базової інфраструктури білка. Роботи Девіда Бейкера і його колег з доменом SH3 білка FP2 8

5. Проблема синтезу білків de novo.

Біоси́нтез (або просто синтез) білкі́в - процес, за допомогою якого клітини будують білки. Термін іноді використовується для посилання виключно на процес трансляції, але частіше означає багатокроковий процес, що включає біосинтез амінокислот, транскрипцію, процесинг (включаючи сплайсинг), трансляцію та посттрансляційну модифікацію білків.
Обґрунтувати можливість створення білків de novo, а також їх принципову важливість для розвитку біонанотехнологій. 9

6. Які білки були вперше синтезовані de novo. Дати характеристику структури і стабільності перших двох штучних білків. 10

7. Роботи Вільяма Ф. Деградо по створенню штучних білків 11

8. Використання комп’ютерних технологій в розробці штучних білків. Білок FSD-1 12

9. Розробка штучних металоензимів. Білки серії DF 13

10. Навіщо створювати білки з неприродних амінокислот? (ХУЙНЯ) 13

11. Виготовлення білків з неприродних амінокислот. Принципи хімічного синтезу поліпептидів.

Хімі́чний си́нтез - отримання хімічних сполук заданої структури, складу й властивостей з інших хімічних сполук за допомогою послідовності хімічних реакцій.
14

12. Виготовлення білків з неприродних амінокислот. Обґрунтувати використання комбінації хімічного та біологічного синтезів для побудови штучних та химерних білків. 15

13. Виготовлення білків з неприродних амінокислот. Використання цистеїнів для отримання спеціальних «неприродних» амінокислот. 16

14. Виготовлення білків з неприродних амінокислот. Використання рибосом, тРНК та стоп-кодону для включення неприродних амінокислот 17

15. Виготовлення білків з неприродних амінокислот. Створення та використання тРНК які впізнають кодони, які складаються з більш ніж 3 основ (розширення генетичного коду) 18

16.

Генети́чний код - певна відповідність між послідовністю нуклеотидів в молекулі ДНК (мРНК) і послідовністю амінокислот в молекулі білка яка нею кодується. Ця система правил розташування нуклеотидів в молекулах нуклеїнових кислот (ДНК і РНК) надає всім живим організмам можливість кодування амінокислотної послідовності білків за допомогою послідовності нуклеотидів.
Застосування коротких олігонуклеотидів в наномедицині. Проблема деградації природних олігонуклеотидів в организмі 19

17. Дати характеристику різним типам штучних нуклеїнових кислот (ДИВ. НАСТУПНЕ) 20

18. Ефективна альтернатива природнім РНК і ДНК для застосування в біонанотехнології та наномедицині. Характеристика Пептидних Нуклеїнових Кислот, ПНК 20

19. Застосування біонанотехнологій в наномедицині. 21

20. Як комп’ютерне проектування лікарських препаратів допомагає виробляти ефективні препарати проти СНІДу.

Нуклеїнові кислоти - складні високомолекулярні біополімери, мономерами яких є нуклеотиди.
Ліка́рські за́соби (лікувальні препарати, ліки, медикаменти) - речовини або суміші речовин, що вживають для профілактики, діагностики, лікування захворювань, запобігання вагітності, усунення болю; отримані з крові, плазми крові, органів і тканин людини або тварин, рослин, мінералів, хімічного синтезу (фармацевтичні засоби, ліки або медикаменти) або із застосуванням біотехнологій (вакцини).
22

21. На чому базується цільовий підхід у наномедицині. Наведіть приклади. 23

22. Молекулярні цільові ліки. Історія розвитку – від природних до синтетичних сполук. 24

23. Загальна схема раціонального дизайну цільових молекулярних ліків 25

24. ВААРТ (високоактивна антиретровірусна терапія) (HAART (highly active antiretroviral therapy)), як успішний приклад раціонального дизайну ліків. 26

25. Загальна характеристика етапів робіт та отримання ліків проти СНІДУ. 27

(если мало, можешь посмотреть 26) 27

26. Застосування модифікованих нуклеотидів для боротьби проти СНІДУ. Принцип блокування зворотної транскриптази штучними лікарськими нуклеотидами (AZT (zidovudina) і DDI (didanosine)) у процесах розмноження ВІЛ.

Зворотна транскриптаза (або РНК-залежна ДНК-полімераза) - фермент (КФ 2.7.7.49), що каталізує синтез ДНК з використанням РНК як матриці. Називається так тому, що більшість процесів транскрипції в живих організмах відбуваються в іншому напрямку, а саме, з молекули ДНК синтезується РНК-транскрипт.
28

27. Нанорозмірний дізайн ліків проти СПІДу з використанням кристалографічної структури ВІЛ-протеази (HIV-1). Інгібітори протеази 29

28.

Інгібітори протеази - це група антиретровірусних препаратів, механізм дії яких полягає у блокуванні ферменту вірусу ВІЛ - протеази, який необхідний для розщеплення поліпротеїнових попередників вірусу на окремі білки, що входять у склад вірусу, та порушують утворення білків вірусного капсиду.
Нанорозмірні інгібітори нуклеокапсидного білку ВІЛ (NCp7). Принцип дії цих інгібіторів. (НЕМА) (ТЫ ВЫИГРАЛ ДЖЕК-ПОТ!!!!) 30

29. Іммунотоксини – наномашини для цільового знищення клітин.Молекулярний принцип побудови імутоксинів.

Пра́вило Клечко́вського, також пра́вило Ма́делунга (нім. Aufbau prinzip) - правило, що визначає послідовність заповнення електронами електронних орбіталей. Сформульоване Всеволодом Клечковським.
30

30. Наведіть важливі характеристики ідеального імунотоксину. Практична розробка рекомбінантного імунотоксину – приклад. 31

31. Використання наномашин для доставки ліків. Ліпосоми. Типи ліпосом, які використовуються у наномедицині 32

32. Що таке стелс-ліпосоми. Переваги використання стелс-ліпосом в наномедицині. 34

33. Біонанотехнологічна розробка штучної крові. Перспективи і проблеми. 35

34. Біонанотехнологічні підходи контролювання та блокування шкідливих молекул (РНК, Білки) в клітині. 36

35. Практичні методи введення лікарської ДНК в клітину. Перспективи генної терапії. (НЕМА) 36

36. Фізико-хімічні властивості металевих наночасток. (НЕМА) 36

37. Методи синтезу нанокластерів кон’югованих в білковий матрикс. (НЕМА) 36

38. Флуоресцентні характеристики нанокластерів золота зв’язаних з білковим матриксом. 37

39. Фосфоресценція нанокластерів та можливі шляхи її використання у біонанотехнологіях. (НЕМА) 38

40. Поверхневий плазмонний резонанс наноструктур і його використання у біології та медицині.

Генотерапі́я - сукупність генноінженерних (біотехнологічних) і медичних методів, спрямованих на внесення змін в генетичний апарат соматичних клітин людини з метою лікування захворювань. Це нова область, орієнтована на виправлення дефектів, викликаних мутаціями (змінами) в структурі ДНК, або додання клітинам нових функцій.
Поверхневий плазмонний резонанс (англ. surface plasmon resonance) - оптичний метод вивчення шарів органічних чи біоорганічних молекул нанесених на поверхню золота або іншого благородного металу, взятого у вигляді тонкої плівки.
(НЕМА) 38

41. Ефекти посилення флуоресценції металевими наночастками, ПФМ ефект (Metal Enhanced Fluorescence (MEF)). 38

Контрольні запитання до змістовного модуля №1: 39

43. Загальні положення біонанотехнології та її зв’язок з біотехнологією та нанотехнологією. 39

44. Ключові об’єднавчі ідеї біонанотехнології. 39

45. Методи дослідження в сучасній біології. Від нано- до макрооб’єктів 40

46. Об’єкти дослідження біонанотехнології. 41

47. Найважливіші завдання біонанотехнологій 41

48. Обґрунтувати переваги нанорозмірів для біотехнологій 41

49. Проблема гравітації та інерції на нанорівні 41

50. Біонаномашни потребують водне середовище 42

51. 0000 42

52. Характеристика природніх наномашин. Навести приклади. 42

53. Обґрунтувати роль теплового руху у біопроцесах на нанорівні.

Теплови́й рух - хаотичний рух мікрочастинок (молекул і атомів), з яких складаються всі тіла.
42

54. Білки, як природні біонаномашини. Характеристика властивостей їх компонент -амінокислот. 42

55. Закономірності будови глобулярних водорозчинних білків. Роль неполярних і полярних амінокислот у стабілізації просторової організації білків. 44

56. Ієрархія структурної будови білків. Охарактеризувати структурні елементи білків. (Див. 13 питання) 46

57. Типи природніх білків.(Нічого більше не знайшов в конспекті, див. попередне) 47

58. Згортання білка у нативну структуру в клітині. Парадокс Лівенталя. 48

59. Шаперони, як молекулярні наномашини. Приклади природніх шаперонів. 49

60. Наномашини, які руйнують клітини. Інфекційні білки - пріони. 49

61. Основні функції білкових наномашин. 50

62. Роль білків в процесах каталізу біохімічних реакцій.

Згортання білків (інколи фолдинг, від англ. Protein folding) - фізичний процес, у якому поліпептидна молекула згортається в характерну для даного білка тривимірну структуру. Кожний білок синтезується як лінійний поліпептид в процесі трансляції послідовності мРНК в лінійну послідовність амінокислот.
Біохі́мія (від грец. βίος - «життя» і єгип. kēme - «Земля», також біологічна або фізіологічна хімія) - наука про хімічний склад організмів та їхніх складових частин та про хімічні процеси, що протікають в організмах.
Поняття активного центру. 51

63. Що таке енергетичний бар’єр на шляху структурних перетворень молекул. 52

64. Типи нековалентних міжмолекулярних взаємодій, які організують природні наномашини. 52

65. Організація вторинної структури білків і ДНК за допомогою направлених водневих зв’язків.

Білки - важливий клас біологічних макромолекул, що містяться у всіх біологічних організмах, та складаються переважно з вуглецю, водню, азоту, фосфору, кисню і сірки. Всі білки є полімерами амінокислот.
54

66. АТФ – макроенергетична сполука клітин. Загальна характеристика. 54

67. Природа генетичного матеріалу: нуклеїнові кислоти – інформаційні макромолекули.

Генетичний матеріал - носій генетичної інформації будь-якого організму. Генетичний матеріал відомих на сьогодні організмів - майже винятково ДНК. Деякі віруси використовують РНК як свій генетичний матеріал.
55

68. Загальна характеристика структури нуклеїнових кислот. Фізико-хімічні властивості нуклеїнових кислот. 56

69. Характеристика структурних форм ДНК і РНК. 56

70. Структура РНК. Рибозими. 57

71. Найбільш поширені і важливі для клітин РНК 58

72. Роль білково-нуклеїнових взаємодій в організації та функціонуванні інформаційних макромолекул. 58

73. Використання молекулярних інструментів клітин в біонанотехнологіях 59

74. Набір природних ферментів, що змінюють і взаємодіють з інформацією, яка знаходиться в нуклеїнових кислотах 59

75. Дати характеристику основних комерційних молекулярних інструментів, які використовуються у біонанотехнологіях та технологіях рекомбінантних ДНК. 60

76. Загальна характеристика природніх наноматеріалів. Розміри наноструктур та типи 62





  1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   16



  • Поверхневий плазмонний резонанс